Структура

Изпълнителна агенция "Одит на средствата от Европейския съюз" към министъра на финансите е създадена с Постановление № 305 на Министерския съвет от 11.12.2008 г. Структурата й е определена в Устройствения правилник на агенцията.

Изпълнителна агенция "Одит на средствата от Европейския съюз"  се ръководи от изпълнителен директор. Той представлява агенцията в страната и чужбина и осъществява взаимодействие с български и европейски институции във връзка с одитната дейност.

Административното ръководство се осъществява от главен секретар. Той ръководи, координира и контролира разпределението на работата между структурните звена (дирекциите) за създаване на нормална и ефективна работна среда.

Структурата на агенцията включва обща и специализирана администрация. Общата администрация се състои от дирекция „Финансово-стопанска и административна дейност". Специализираната администрация се състои от три дирекции: "Одитна дейност", "Специфична одитна дейност" и "Методология, хоризонтални политики и автоматизация на одитната дейност".