МИСИЯТА на Изпълнителна агенция „Одит на средствата от Европейския съюз" е да извършва одитна дейност в съответствие с международно признати одиторски стандарти, като предоставя независима и обективна оценка относно:

• правилното функциониране на системите за управление и контрол относно на средствата от ЕС;
• пълнотата, точността и достоверността на годишните счетоводни отчети и законосъобразността и редовността на свързаните с тях разходи.

Чрез резултатите от своята одитна дейност Изпълнителна агенция „Одит на средствата от Европейския съюз" защитава финансовите интереси на европейския и българския данъкоплатец.