Всички дейности на Одитния орган се осъществяват в съответствие с приложимите разпоредби на ЗВОПС, регламентите на ЕС, международни споразумения, подписани от Република България, и националното законодателство, както и в съответствие с международно признатите одиторски стандарти, както следва:

• Международни одиторски стандарти (МОС) на Международната федерация на счетоводителите (МФС);
• Стандарти на Международната организация на върховните одитни институции (ИНТОСАЙ);
• Международни стандарти за професионална практика по вътрешен одит на Института на вътрешните одитори (ИВО).

Одиторите изпълняват процедурите в съответствие с указанията на Европейската комисия и одобрената от изпълнителния директор на агенцията методология.

За документиране на резултатите от проверките се използват стандартизирани контролни листове по съответните ключови изисквания към системите за управление и контрол и контролни листове за проверка на проект.