Функциите на Одитния орган са определени в чл. 62 на Регламент (ЕС) № 1083/2006 и в чл. 127 на Регламент (ЕС) № 1303/2013 на Европейския парламент и на Съвета. В тази връзка при изпълнение на дейностите, одиторите на агенцията прилагат регламентите на Европейския съюз за програмен период 2007 - 2013 и 2014-2020 г. и съответното българско законодателство.